Mais c’est avec le développement du christianisme que Civaux devient un centre religieux important, avec la présence d’une église associée à un baptistère dès les années 550.
Des nécropoles de cette époque, deux subsistent : le cimetière situé autour de l’église et la nécropole mérovingienne, à 100 m de là, dont la clôture est composée de couvercles de sarcophage dressés tels des menhirs et qui renferme encore plusieurs centaines de sarcophages.

C’ est cette riche histoire et ce patrimoine archéologique que retrace le Musée archéologique de Civaux au sein d’un parcours du Moyen Age à la Préhistoire, à la manière des strates archéologiques. Le musée se singularise par la présence de nombreux objets découverts en contexte funéraire, et plus particulièrement dans la nécropole mérovingienne : bagues, fibules, urnes, vases en verre et en terre cuite.

La vie quotidienne est aussi bien présente avec de la vaisselle de cuisine, de table, des objets de parure et de toilette, des outils, mais aussi des éléments d’un groupe sculpté d’époque romaine représentant le dieu Bacchus. Le musée rend compte aussi de l’actualité archéologique avec la mise en place en juin 2025 d’une vitrine dédiée à l’âge du bronze, à la suite d’importantes découvertes archéologiques en 2020. Pour compléter la visite, le film Civaux, à la recherche de nos origines est en accès libre à l’auditorium. Il permet de mieux comprendre l’archéologie et l’histoire de Civaux.